Anche la natura ha lasciato nel territorio di Affile l’impronta del suo meraviglioso lavoro. Presso il confine con Roiate, infatti, le acque del torrente Carpine scompaiono ad un tratto ai piedi di una collina, inghiottite da una bocca semicircolare scavata nella roccia. L’ingresso di questo cunicolo chiamato “Pertuso” è vagamente misterioso: l’interno è orrido. E’ un susseguirsi ineguale di grotte ora elevate, ora tanto basse da impedire il passaggio, col suolo formato da massi e pozzi profondissimi.

Gli androni cupi e pericolosi proseguono per circa 200 m. fino alla parte opposta della collina, dove il Carpine, in tempo di pioggia, si getta con fragore nella sottostante vallata.

Dal punto di vista orografico la zona si presenta in prevalenza costituita da terreni con forti pendenze, ad eccezione di alcune porzioni di territorio ai confini con i Comuni di Arcinazzo Romano e di Roiate.

Il clima è caratterizzato da inverni discretamente rigidi, da estati generalmente fresche e da una piovosità media intorno ai 700-800 mm. annui concentrati soprattutto nei periodi autunno-inverno, con rare nevicate non persistenti nei giorni, mentre si riscontrano in alcuni anni delle gelate tardive.